XVII secolo. Padre Sebastian Rodrigues e padre Francisco Garupe, due giovani missionari gesuiti portoghesi, intraprendono un lungo viaggio, irto di pericoli, per raggiungere il Giappone e andare alla ricerca del loro insegnante e mentore scomparso, padre Christovao Ferreira.
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I due missionari sono inoltre incaricati di diffondere il cristianesimo, ma mentre esercitano il loro ministero tra gli abitanti di un villaggio sono testimoni delle persecuzioni ai danni dei Cristiani giapponesi. In Giappone, infatti, i signori feudali e i Samurai sono decisi a sradicare il Cristianesimo dal paese e tutti coloro che si professano Cristiani vengono arrestati e torturati, costretti all'apostasia, a rinnegare la loro fede o a essere condannati a una morte lenta e dolorosa...
